История Зеленоградского полумарафона началась в 1997 г. Инициативу Бориса Михайловича Прокопьева — редактора журналов «Бег и мы» и «Лыжня» — поддержала администрация города, и 25 июля 1997 г. состоялся 1-й Зеленоградский полумарафон, в котором приняли участие 475 любителей бега из 65 городов России, а также спортсмены Украины, США, Германии и Австралии. С тех пор праздники бега в Зеленограде проходят ежегодно.
В 2000–2001 гг. Зеленоградский полумарафон стал самым массовым забегом России — число финишеров в эти годы превышало 600 человек.
В Музее Зеленограда хранятся медали 11 полумарафонов — все разные по дизайну. Представленная на выставке медаль Десятого юбилейного полумарафона, состоявшегося в 2006 г., — это настоящее произведение искусства.